mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGTGCTCCCCTTCTCCACC TGGAGAAGCAGGGTACGTGCA CTATCGATCTACAGTTGAGTAGGTTCTTGTTGGAGAAGCAGGGTACGTGCAAAATGCACACCGGTTGGTCGAGCTAATTAACAAGCTCTGACGACCATGGTGATCGAATGCACGTGCTCCCCTTCTCCACCATGGCCTTCTCACCTTCTTCATCTTCA GCACGAGGCGCTAATCTCTTTTCTCTACTCTACTTGCATTACACCACCTCTGCATTGCACTTCAGTTCATTCATTCCACTGATGCATGGATCGATGTTGCTACCTTCTTCTCTTCTCCTCATGCATCCATGCATCGATCTCACCTAGCTTCTTCCTCATCCTCTCTCGATCGATTACAAGAGTAAAGTGTTTGCTGTTCTTGCTATCGATCTACAGTTGAGTAGGTTCTTGTTGGAGAAGCAGGGTACGTGCAAAATGCACACCGGTTGGTCGAGCTAATTAACAAGCTCTGACGACCATGGTGATCGAATGCACGTGCTCCCCTTCTCCACCATGGCCTTCTCACCTTCTTCATCTTCACCATCTCCACTGATTGATCGATCTCAAACCACA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR164 7e-62 osa-MIR164c 4e-63 -54.8 .....((.....((.((((.(((((..((.((((((((..(((((((((((...((..(((((...(((((((((........)))))....)))).)))))..))..)))))))))))..)))))))).)).))))).)))).))...))....... (-54.8)