mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGTACGTGCA CACGTGCTCCCCTTCTCCACC GCTATCGATCTACAGTTGAGTAGGTTCTTGTTGGAGAAGCAGGGTACGTGCAAAATGCACACCGGTTGGTCGAGCTAATTAACAAGCTCTGACGACCATGGTGATCGAATGCACGTGCTCCCCTTCTCCACCATGGCCTTCTCACCTTCTTCATCTTCAC GCACGAGGCGCTAATCTCTTTTCTCTACTCTACTTGCATTACACCACCTCTGCATTGCACTTCAGTTCATTCATTCCACTGATGCATGGATCGATGTTGCTACCTTCTTCTCTTCTCCTCATGCATCCATGCATCGATCTCACCTAGCTTCTTCCTCATCCTCTCTCGATCGATTACAAGAGTAAAGTGTTTGCTGTTCTTGCTATCGATCTACAGTTGAGTAGGTTCTTGTTGGAGAAGCAGGGTACGTGCAAAATGCACACCGGTTGGTCGAGCTAATTAACAAGCTCTGACGACCATGGTGATCGAATGCACGTGCTCCCCTTCTCCACCATGGCCTTCTCACCTTCTTCATCTTCACCATCTCCACTGATTGATCGATCTCAAACCACA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR164 8e-62 osa-MIR164c 4e-63 -54.8 ......((.....((.((((.(((((..((.((((((((..(((((((((((...((..(((((...(((((((((........)))))....)))).)))))..))..)))))))))))..)))))))).)).))))).)))).))...))........ (-54.8)