mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTATATTTTGGGACGGAGG TCTGTCCTAAAATATAGCAAC AATACATACTCTCTGTCCTAAAATATAGCAACCTAGTATGTCCACATTCGTTATACTAGGATATGTCCCATCCAGTACTAGGTTGCTATATTTTGGGACGGAGGGAGTACCT GTAATGTAGTACTATTCAGTGCTGCATTGTACTAACATAAGTGTTGCTCTTTATTTTTATTTTTTAAAATAAGCATATTCACTATACAGTCTATATCCGTGCCTCTACCATTTCTTTTCTTGTCTGTAGACAAGGAGCAGCTGGAAGTTATTTTTTATATATTATGGGCATGTTTGACATGGCTCCAACCGCTATCTTGTCCGAGGAGCTGGAGCCTGGAGCCGGAGTGGGTGGATCTGCCCTATAAAATACATACTCTCTGTCCTAAAATATAGCAACCTAGTATGTCCACATTCGTTATACTAGGATATGTCCCATCCAGTACTAGGTTGCTATATTTTGGGACGGAGGGAGTACCTTTTTCCAGCTTCACAAGTTTAGCTTCATATCAGGTTTGGAGCCTGTGATAATTTGAAAATAAACCAGTGTAATAATGTCTTTAGTTTTGAACCTTGTGATGATACCACACTGACATGCCGGTATAAAAAA 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-48 osa-MIR1862b 0.000000006 -47 ........(((((((((((((((((((((((((((((((...((.((((.........)))).)).........)))))))))))))))))))))))))))))))....... (-47)