mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCAATAAAA TTTATTTGGACGGAGAGAGTATG GTTACGGAGAGTACTCCCTCCGTCCAATAAAAAACCAACCTAGCACTAGATGTGATGTATTCTAGTACTACAAATCTAGATATATCTCTGTACATATTCATTGTACTAGAATATGTCACATCGAATCCTGATTCGTTTTTTTATTTGGACGGAGAGAGTATGCTATAAGC TATAGTACTCCGTATTGTTGCTGGGAATCGAATTGTTTCTCGGAGAAAATCTCATCTGGAAAAATGCTGATTGTGGGGTTGGGGAAGATGNACTCCATGCCGGGTTTACCTTGCTCTTTAGTTCAAAATAGAAGTAACTAACGTTTGTTACGGAGAGTACTCCCTCCGTCCAATAAAAAACCAACCTAGCACTAGATGTGATGTATTCTAGTACTACAAATCTAGATATATCTCTGTACATATTCATTGTACTAGAATATGTCACATCGAATCCTGATTCGTTTTTTTATTTGGACGGAGAGAGTATGCTATAAGCTCTTGCAGTTTGGGAAGTGTGTGTTTGGCGAATGAGGGAAATTTCTCCCAGTCTGCATCCGCTGAACACAGCCTGAGCAGGAATTCTAATTTTATCCTTTTTTTTTTCTCTTTATAATGAAAATCAATCCCCAGCCTCGGCGTCCAGTACGTGTATTCTATATCAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAGACTAGTTCTCTCTCTCTCTCCCTCGTGCCGAATTCCTGCAGCCC 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-21 100 -57.6 .(((.((...((((((.((((((((((.(((((((.((..(((.....((((((((((((((((((((........((((......))))............)))))))))))))))))))).....))).)).)))))))...)))))))))).)))))).)).))).. (-57.6)