mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATA ATATGGGCACGGAGGTAGTATG CTATCCTGGTCTGCTAACTTCTACTCCCTCCGTCCCATAATAGGTGACGTTTTTTACTTTTTATTTGCAATGTTTGACCATTCGTTTTATTTGAAAAATTAGTGCAAATATAAAAAAAGATAAGTCATCATGTCAACAGTCACTTTTGATAATAAAGCAACATGCATCACAACAAACATCAAATAATAATTTCAAAATTTTTTGCAATAAGCACGCAATAATCAACCATTGCATAAACAAAAACTCAAAAAGCACAAGTAATATGGGCACGGAGGTAGTATGATTTAATCTGTGTGCGCT GGGCTGCAGGAATCGGCACGAGGGCCAATTGGAATAACCAGGAAATAAATGTAATATGAAAATACAAAACATTGAATGATGTGTCAGGAGGATCATTTCCATCCACTGATTGCATATGCTAATTCTATTATTTTATCATCTCTTTTTTCAAAGGTCCTTCCGGAGATTCTTCATATGGCTATCCTGGTCTGCTAACTTCTACTCCCTCCGTCCCATAATAGGTGACGTTTTTTACTTTTTATTTGCAATGTTTGACCATTCGTTTTATTTGAAAAATTAGTGCAAATATAAAAAAAGATAAGTCATCATGTCAACAGTCACTTTTGATAATAAAGCAACATGCATCACAACAAACATCAAATAATAATTTCAAAATTTTTTGCAATAAGCACGCAATAATCAACCATTGCATAAACAAAAACTCAAAAAGCACAAGTAATATGGGCACGGAGGTAGTATGATTTAATCTGTGTGCGCTGCTGCTTTCCATGTCTCTGCAAATGCATATGTATTGATGTGCCCTTCAATCTCCATT 2 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 0.000000000000005 osa-MIR1436 0.00006 -51.1 ...........(((..((.((((((.(((((((((((((.((..((..(((((((..(((((.(((((((((.((((..((((((.((((((((.......(((((..(((........))).((.....((((((.((...)).)))))).....))....)))))...........))))))))..(((.((((....)))).)))....))).)))..)))).)))))))..)).)))))...))))))).))..)).)))))).))))))).)))).))........))..))).. (-51.1)