mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTCCTCTTTCTGTCACC ACGGAGAAGCTCTCATGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGTGATGGCCGGCATACACTCTATCCCGCTCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCCTCTTTCTATCAGGGCTC GGAGAGAGTCCTTTTCTCTCACCAGCTCTCCTTTCAAGCTCAGTACGGTGGCCGCTCACCGGATCCAAGAAGAAAACCTCTCTTCCGTTTATGATTCTTTCTCTTGAGTTCTTGAGGTTTTATTTGGTTTTTCTTTGAGTTTTTACTCGTTTTTCTCGATTTCTCGATTTCGATGACTCGGAACTAAATAGGTTCTCTAATGACAAGTAAGAGCAAGAAATTTCTAGCACGGAGAAGCTCTCATGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGTGATGGCCGGCATACACTCTATCCCGCTCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCCTCTTTCTATCAGGGCTCAAATC 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest mir-156 1e-32 osa-MIR156d 1e-53 -50.1 .......((((((.((((((.(((((((((.((((((((((.(((((....((.(((.(((.....))).))).)).))))).))))))))))...)))))))))...))))...)).)))))). (-50.1)