mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTCCTCTTTCTGTCACC ACGGAGAAGCTCTCATGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGTGATGGCCGGCATAAAATCTATCCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCCTCTTTCTCTCAGGGCTC AGCCCTGGGAGGTACGGACATCACCCGTCCCATCCATCTCCTCTGCTCCAAGAAGCAAACACCAAGAAACAAAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGATAGAGGGAGAGAGTCCTTTTCTCTCACCACCTCTCCTTTCAAGCTCAGTACGGTGGCCGCTCACCGGATCCAAGAAGAAAACCTCTCTTCCGTTTATGATTCTTTCTCTTGAGTTCTTGAGGTTTTATTTGGTTTTTCTTTGAGATTTTACTCGTTTTTCTCGAATTCTCGATTTCGATGATTCGGAACTAAATAGGTTCTCTAATGACAAGTAAGAGCAAGAAATTTCTAGCACGGAGAAGCTCTCATGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGTGATGGCCGGCATAAAATCTATCCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCCTCTTTCTCTCAGGGCTCAACTCCTATCCAGATCTATTAGCAGGCTTACAAAATCACTAAATTACTTTGATTTGGTGTTACTCAATTTGATTGTTGTGATCTAGCCTTTTCCTCCAAAGAAGCACTAGAAACCACCCCTTATGCTTGGTAGAGAGAAACCTCATGCTTGGTACAGAGAAATTCAGCCACAAGAAGACAGAGAACGCATGCTTGAACCATGCTGTCGCCGGAACTACTACCGAGGAGAGTGATACGGATGCTGGTGATAATGTGGTAGTACTACTCCTTGCGTTGGGAGCTGAAGCATGGAGATGCTGCCAGTACACTGGAGCACTGTGGTGATTCATCAACAGGATTAACCGGATCTTCTCTCTCTTTCTTCTTCTACCCCATCTCTTCTCTTCACTTCTCTCTTTGCTCTCTTGTTTTTCAGCTAAAGCTCCTTGTGCAGGTTGTTGGCCATGGTGGTGGGGTTCATCAAGTTATTGCTTGGTCAAAAATGGAGCATGGAAGAGGCTAACAGATGACCCATATTTGGCATGCAAGGTTGTTTCGCTATGCGTTTGCCAGATCTGGCTCGCATCTTAGATAAAGGTCATCATTCATGTTTAATGGCCAGCAAGGCAGCAACTACACCATTAATTTCCACAAGGGATTGGGATGAGATATGATTCAAGCTGATGGATGCTTTACAAAAGTCACTTCATGTGCTTGACATGCATGCGCGTGCAGTCCCATTCTGAGAGTAAACTCTTGCAACAGCGCGCAGCGGAGAGGGGGTAACCTAATTTTTAAGATTCAAATGACCTTTTTTTTAAGGGCCTCAATCTTGGCGCGGCTGGAGACGGACACTGTTGAAATAAATTGGAACTGAT 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest mir-156 7e-40 osa-MIR156d 3e-63 -46.3 .......((((((...((((.(((((((((.((((((((((...(((....((.(((.(((.....))).))).)).)))...))))))))))...))))))))).......))))..)))))). (-46.3)