mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCT GGCTCCTTATAGTTCAAACG AGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATATATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCT 1 0 3' arm Brassica_rapa micropc MIR159 1e-63 bra-MIR159a 3e-98 -71.9 ((((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..(((((((.........))))))).)))).)))))..).)))).)).)).))))))...))))))......))))...)))))).))))))))).)))))))))) (-71.90)