mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT GCTTGTGGCAGCAACTGCACA TCAGATTCATGCAAGGGGATGGTGACAAGCTTGTGGCAGCAACTGCACATCTTGCAAGAAAATCTTTAGGGTTTTTCAGACCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATC GCCAGCTCAGATATCTCCCCGTCTCTACTCCGCCGGGAGCAACATGTGTCGCGGCTTTTGCTTCGCTTCCACGGCCACATGCCGCGCCACGGGCACCCGCGCGCGCGCGCGCCCGCGCGCCGTCCTCACGCCGCGTCCGCCGCCCAGATCCGGCGCACGCTCCTCCCCCTTTTGAGCCGCCATCGCCGGCACCGCCGCGCGCGACGGCGCGGCGCAGCCGCACCGATCTCGTGAATTCCCCTCCCTGACCACTCTCCCGGCCCCGGCCCCAGCCACCACCTAAATCGCAATGCCTTTCTCCGCTAGCTCCCGCCGTCCCCTCCCCTCAACGGTGCCGGTGCGGCGCGCGCGTGGTTTCTCAGATTCATGCAAGGGGATGGTGACAAGCTTGTGGCAGCAACTGCACATCTTGCAAGAAAATCTTTAGGGTTTTTCAGACCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATCAAGTGAGAAAGCAGGGTAGAGTTATTCAATTACAGGCACACAAGACAAAATTAAAGTAATAAACATGTCTGACCAACAAACACAATGATTAATAACAAAACTCTTGTGGCATGAGATAATATTGAAGCATGATGCTTACAACAGTTATAATATGAAAACTAGATGGAGGCAGGTACATGTTTTGACAAGGTTGACATTATCTTAAT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR444 1e-29 osa-MIR444b 2e-74 -76.3 ..........(((((((((.((((.((((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((.....((((.....))))........)))))))))))))).))))))))))))))).)))))))).))))))))))))).......... (-76.3)