mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT GCTAGAGACAGCAACTGCATA CGAGCCGGCTTCTCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTAGAGACAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATCGGTTTTATGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGCTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAACTATTGGATATGAAA GGTCGTCGTCTTCGCGTCGTTCTCTCGGAGCCCCCCCTCGCTTAGATTGGATAGGATCGCGCCAATCGCGGTCTCGTCCTCCATGGCATCTGCCCCCCCCCCCCCTAGATTTCCGTAGGAGGTAGCTATCTAGCTTGCGGCCGCCCGTCGCATGACCACGACCCTCGGATCGTGGTGGCCGTTGGCTCCCCGATTAGCTTCTCCCATTGCCGCTCCTGTAGGCTGTAGCCCCAGCCGATATGCTTGCGTTGATTTTGATTCTGTGCCGCCTAGCGACCCGCCTCTCTTCATCTAGGGTTCAACCTTCGAGCCGGCTTCTCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTAGAGACAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATCGGTTTTATGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGCTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAACTATTGGATATGAAAACAGAGTCAAGAAATGCAGAATCCAGGTTTGCCAAAAGCAGCAATATAAATATGTTGTGTATACCCATAGAAACATGCTGGGTTATCAACTCACTAGTTTTTTTTTTAAAAAAAGGAAACTCAATTACATTAGACAAGAAGACTATTTGAACTGAGGAAGTTATTGTGTATGGTAAAAGAAGTAACAAGAGGCAAACAAAGAAATTTGTTGTAAACAAATAAGGGAAGTAGTATTATCTTTCCAGTTTGAAGACAGTTTTTTTTTTCCAGATAAGACGATGAGCTACCAACTCTATTGAATTTGGTACTCCATTATCAGTCCTCGTTTTGCGGGGTGTTACCCCCTATTGTAAAAAGCTTGTTTGTCTAAGCAAAATGCTTCCCAGTCCCACCAAAGCTAGATTAACTACAAAGTATCTGCCGAGTGCACAAGTCAGGTAAAAAACTTTGTTTGTCTAAGCAAAATGGTTCCCAAGTTCCCCCCAAGTTAATTTAACATCAAAGTTTCTGCCGAAGGGGCCCAATTCAAAAAAAAAAAAATTGTTTTTGTTTAAACAAAAAAGGGTCCCCACAATTCCCCCCCAAGCCTAGAATTAAAATCAACAAAAATTTCTTGCCCAAAGGGGGCCAAAATTCCCGGGGGAAGAGGGTGAAGAAT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR444 3e-67 osa-MIR444c 2e-74 -85.8 .....((...(((.((((.(((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((......(((.....))).))))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))).)))).)))))))...)))..))... (-85.8)