mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGGGG TAGCTAAAGAGGGAGCCTTTTCATTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGGGGCTACTTTTAATTTCTCTCTCTTTTGATATCTTCTTTTCTCGATCTCCTAGCTTGATCTTTTTGATCTCTCAAATCGATCTTAAGAAAAAGATCAGTCAAAGAGATGAGAGTAGATGTCTGTAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAAACAGAAGGGCTCCCATGCATATCG AGCCACAGACACAGCCACTACACTAGCTTTGGACACCTCTACCTAGCTCCATCTGCAACCATATGCATCTCCACCCTCTCCATTTGGAACCAGAAAACCATGGCTTCTCCTGCATGCTCACTACTCATCCCTACACAGAAAGCTCTAGCTGCTGCTAGTTTCATTCTAGTAATGATACAAATATCAAGAGAAAAAGTGAGAGTCAAATAGAGGTGTGAGGTGAGGAAGATGCTGCAGGTAGAAGAAGCTGAGAGAAAGATATGATCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAAAGTTATCTAGCTAAAGAGGGAGCCTTTTCATTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGGGGCTACTTTTAATTTCTCTCTCTTTTGATATCTTCTTTTCTCGATCTCCTAGCTTGATCTTTTTGATCTCTCAAATCGATCTTAAGAAAAAGATCAGTCAAAGAGATGAGAGTAGATGTCTGTAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAAACAGAAGGGCTCCCATGCATATCGATCATGAGCTAGCTTATTACCCCCTGCTTTTGCCTCTTCCAAATCTGATGAACTGGGTAAGTTAACTGAATATTGCTTAACTAATCAGCTTTTTGTTTCATCTGATGGATAGATAGGAGGAGTAGATCTTGGTGGCATGAACTGCATGAGATGCAGATTGGTGTAATGATGGGGGGGGAAAGACTGCATGACTGTACAATTGCACACTTATCAGAGCTACTTGGGATCTCTTCTCTTCTCTTCTCTCTCTGCAATATTAGCCCTTGATGAGATGAGGGGTGATGAGGAAAAAGCTGTCATCATTAAAGGCCTTTTGTTCATGCAGATCCTATCCTTCATGGTTGGGACTAGCTAGTCTGTATTCATCAAGTACAAATACCCTGCCTAAACCTTTCTTCCTTTCAAAGGAATGGTCCATCTGGATCTTTACCTTTGCTTGGGGGACCCCACCCCTAACTAACTTGGATGGTCTTAAAAAAAGGTAATTTTTTTTTAAGTTTTTGGGGGATCAATTTTTTCTCCCTCCCTTTTTCTTTCT 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest mir-166 1e-39 osa-MIR166b 1e-48 -77.7 ..((......(((((((((((...((((.((((((((..((((((.((((((((((....................(((((((....(((((.(((((.....(((((((((((((((.........)))).....))))))))))).....)))))))))).))))))).)))).)))))).))))))..)))))))).))))..)))))))))))..))...... (-77.7)