mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCGGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATC ATATGGTCCTCTTCGTCTTATTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTGGCTTTATCACTCCATGAATATGATTCTTGCAAGACTTCGGTGGAGGTGACGCGATGATGGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGATGATACTAATAGGATCAAC CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGTGATATACTGGTACTACTAGTGTCTTTACAGTAAAACACTCGTCTCTTTTGTCATACAAAAAAAACCCTTTTAGGGTTAGATCCGATATTGCGTGCTTAGAGCCAGTTAGATATGGTCCTCTTCGTCTTATTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTGGCTTTATCACTCCATGAATATGATTCTTGCAAGACTTCGGTGGAGGTGACGCGATGATGGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGATGATACTAATAGGATCAACAAACTTCTCGCTCCGATTTTTTGGCTTTAGTTTTTAACTGCATGATATCTCAGGTTTTGTTTCTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTCGGGCTTTCCCCTTCGGGTTCACAACAATAGTCACCGGCTTCTATAGTCTGGCCCGGAACCTGTAGATGCAGGTTTTGGATACTACAATATATATGTAGATGTCCTATGTTGCACAACCACAGAATTATTAGATTCTCAGCCTTTGACTTTTCCATCCGGCGAGGGAATGTTTTGTTTTTGTATGAAGCTAAATAGTTTCTCCCGTTATCAGTTATGTTCATCTGCAGCTTTTACCCCTCGAGACTAGCAGACTCGTGATCAGATCGTTTGATGTTCTGC 2 0 3' arm Coffea_canephora mirnest MIR396 2.0E-6 csi-MIR396b 8.0E-9 -56.9 ...(((((((.((.((.(((((((((((((((.((((((((((((..((.((((..((((((.....(((...((....))..))))))))))))).))...))).))))))))).))))))))))))))).)).)).))))))).. (-56.9)