mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCGGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATC ATATGGTCCTCTTCGTCTTATTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTGGCTTTATCACTCCATGAATATGATTCTTGCAAGACTTCGGTGGAGGTGACGCGATGATGGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGATGATACTAATAGGATCAAC CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGTGATATACTGGTACTACTAGTGTCTTTACAGTAAAACACTCGTCTCTTTTGTCATACAAAAAAAACCCTTTTAGGGTTAGATCCGATATTGCGTGCTTAGAGCCAGTTAGATATGGTCCTCTTCGTCTTATTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTGGCTTTATCACTCCATGAATATGATTCTTGCAAGACTTCGGTGGAGGTGACGCGATGATGGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGATGATACTAATAGGATCAACAAACTTCTCGCTCCGATTTTTTGGCTTTAGTTTTTAACTGCATGATATCTCAGGTTTTGTTTCTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTCGGGCTTTCCCCTTCGGGTTCACAACAATAGTCACCGGCTTCTATAGTCTGGCCCGGAACCTGTAGATGCAGGTTTTGGATACTACAATATATATGTAGATGTCCTATGTTGCACAACCACAGAATTATTAGATTCTCAGCCTTTGACTTTTCCATCCGGCGAGGGAATGTTTTGTTTTTGTATGAAGCTAAATAGTTTCTCCCGTTATCAGTTATGTTCATCTGCAGCTTTTACCCCTCGAGACTAGCAGACTCGTGATCAGATCGTTTGATGTTCTGC 2 0 3' arm Coffea_canephora mirnest MIR396 0.000002 csi-MIR396b 0.000000008 -56.9 ...(((((((.((.((.(((((((((((((((.((((((((((((..((.((((..((((((.....(((...((....))..))))))))))))).))...))).))))))))).))))))))))))))).)).)).))))))).. (-56.9)