mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGATCAGGCTTCATTCCTC GGAATGCAGTTTGATCCAAGA TGATTGAGAGAGATAGGTGTTNGGAATGCAGTTTGATCCAAGATCTGCCTATATATATGGTGTGTATATCATATCTTGTGATATGGGGGATATGCAACAAGTGTGTGACAGGGGTGGGTAGATCTCGGATCAGGCTTCATTCCTCACACCAATACTCTCTGTTG ATGCATATATGCATGGTGTGTGTGTGCATGTACTAGCAGCTATAGATCAAGATAGGTGTGATTGAGAGAGATAGGTGTTNGGAATGCAGTTTGATCCAAGATCTGCCTATATATATGGTGTGTATATCATATCTTGTGATATGGGGGATATGCAACAAGTGTGTGACAGGGGTGGGTAGATCTCGGATCAGGCTTCATTCCTCACACCAATACTCTCTGTTGATGGACAAGTAAGGTATGCACCAGGTATGAAAGTGAAACCAGCCCTTGGGTAGCCCATGCCATGGTTTGAGGCATGGGATTCAATCTTTAGTATAAGATCTACTTTGCTATTGTGTAATTGAAATTCCTTGTCTAAGTTATAATAGGTCGGTCGAGGTCACGGCTCATTCCTTACTTCAAGGCATTGTTTCCATCTATAAGAAAACCTCATCACTTCTGGGGTTTTGAATCGGTAAAGTGTTGCTCTAAGATAATATGAATCGGTAGTAGCGTCGCCTACTATCACTACCGGTTATTGAACCGAGTAATACTGTTAGTTCTCTTTCGTTTGGGTGTGAAATAAATGAAAGCAAACCAATAATGATGAGACAAAATTAATAGTTTTTTTAAGTGCACGATCAAACAAAGAAGT 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest mir-166 8e-65 osa-MIR166i 5e-72 -67.6 ......((((((((.(((((..((((((.((((((((((.((((((((((((((((.((.(((((((.(((((((....)))))))...))))))).)).)))))).((....)))))))))))).)))))))))).))))))..))))).)).)))))).... (-67.6)