mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTGCACGTGGTCTCCTTCTC GAAGCAGGGCACGTGCATGC GAGCTAGCTAGCAGTGAGAAGGACCGCGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATATGTTCATCATCATCTTCTTCCTCCTCCTCTAGCTCCAGCCTTGTGTGGGTTGGAAGTTTAGATAGAACTCGCACTGCACGTGGTCTCCTTCTCCATCCCGGTCTTTTTCTCACTTTGCCATAC ATCGACGTCGTCATGCAGGAGCTAGCTAGCAGTGAGAAGGACCGCGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATATGTTCATCATCATCTTCTTCCTCCTCCTCTAGCTCCAGCCTTGTGTGGGTTGGAAGTTTAGATAGAACTCGCACTGCACGTGGTCTCCTTCTCCATCCCGGTCTTTTTCTCACTTTGCCATACATCGAGCAGTCAGACATCAACAAGAGATGCGGATCCAACAATGCATGGAGGCGCGCTCATGGGAGAACCAAACATTGCAAATTCTCCAAAGCCAAGAATTGGCCTTGTAACATTTGTAATCATCCAATTACCGATCACATATAATTTCAGCATATGTCAATTTGTTGTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTTTTTTTTCTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCGCCCGGGGTATATACCCCGAGAATTTTCCCCCCCTCCCCCCCGTTTTAATATTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCCCCGTGTAATTATTTTGGTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGGGTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAGGGATTTTTTGGGAAAAAAAAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTTTGAGGAGGGGGGAAGAAAAAAGGGGGGGTCTCCCCCACATGAGGGCGAAATCCCCCCTTTCCAGTATTAAAGGGGAGGGGGGGCTCTTCGGGGGACACCCCAAAACAAGAAGATTATTTTTTGGGGAGGGAAAACAGGGGTGGTACACTCCCCGCGGTGGGAGGAGGATCCCCAACACCCGGCGGGGGCCGCCCCCCGTCTGTCCGGGGGGGGGGGGATCCCCCTCCTTTCTGAAAAAAAAAACAACACCCCCCCCTTTTTCTTCTCAATGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGCGGAGCACTACCACCTCAATCAATAAAAAAAAAAAAAAAGGAGAGGGGGGGGGGTGTGTGGATTATGAGGGGGGGGCGGGGCGGTGGGGCGGCCCTTTTGTTGTCGTGGGCATACCACGAAACACCTAAATTACTTGCGACCACTCACTCCACAAGAAAAAAGAAAATAAGAGAAATATGTAAAGGGGTTAGGAGCGATGCCCTCAGAAAAAAATACAAACAATAATAAAATAAACACCTACATATAACGCTCCACACCACACACAC 2 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR164 2e-75 osa-MIR164a 4e-85 -63.3 ..(((....))).(((((((((((((...((((((((.(((.(((((((((((....((((......((((.(((((.(((......((....)).......)))..)))))...)))).))))..))).)))))))).))).))))))))...))))))..))))))).......... (-63.3)