mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA CACGTGGTCTCCTTCTCCATC TAGCAGTGAGAAGGACCGCGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATATGTTCATCATCATCTTCTTCCTCCTCCTCTAGCTCCAGCCTTGTGTGGGTTGGAAGTTTAGATAGAACTCGCACTGCACGTGGTCTCCTTCTCCATCCCGGTCTTTTTCTCACTT ATCGACGTCGTCATGCAGGAGCTAGCTAGCAGTGAGAAGGACCGCGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATATGTTCATCATCATCTTCTTCCTCCTCCTCTAGCTCCAGCCTTGTGTGGGTTGGAAGTTTAGATAGAACTCGCACTGCACGTGGTCTCCTTCTCCATCCCGGTCTTTTTCTCACTTTGCCATACATCGAGCAGTCAGACATCAACAAGAGATGCGGATCCAACAATGCATGGAGGCGCGCTCATGGGAGAACCAAACATTGCAAATTCTCCAAAGCCAAGAATTGGCCTTGTAACATTTGTAATCATCCAATTACCGATCACATATAATTTCAGCATATGTCAATTTGTTGTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTTTTTTTTCTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCGCCCGGGGTATATACCCCGAGAATTTTCCCCCCCTCCCCCCCGTTTTAATATTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCCCCGTGTAATTATTTTGGTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGGGTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAGGGATTTTTTGGGAAAAAAAAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTTTGAGGAGGGGGGAAGAAAAAAGGGGGGGTCTCCCCCACATGAGGGCGAAATCCCCCCTTTCCAGTATTAAAGGGGAGGGGGGGCTCTTCGGGGGACACCCCAAAACAAGAAGATTATTTTTTGGGGAGGGAAAACAGGGGTGGTACACTCCCCGCGGTGGGAGGAGGATCCCCAACACCCGGCGGGGGCCGCCCCCCGTCTGTCCGGGGGGGGGGGGATCCCCCTCCTTTCTGAAAAAAAAAACAACACCCCCCCCTTTTTCTTCTCAATGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGCGGAGCACTACCACCTCAATCAATAAAAAAAAAAAAAAAGGAGAGGGGGGGGGGTGTGTGGATTATGAGGGGGGGGCGGGGCGGTGGGGCGGCCCTTTTGTTGTCGTGGGCATACCACGAAACACCTAAATTACTTGCGACCACTCACTCCACAAGAAAAAAGAAAATAAGAGAAATATGTAAAGGGGTTAGGAGCGATGCCCTCAGAAAAAAATACAAACAATAATAAAATAAACACCTACATATAACGCTCCACACCACACACAC 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR164 1e-75 osa-MIR164a 3e-85 -61.2 ....((((((((((((((...((((((((.(((.(((((((((((....((((......((((.(((((.(((......((....)).......)))..)))))...)))).))))..))).)))))))).))).))))))))...))))))..)))))))). (-61.2)