mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGCCAATATC ATCGGTAAAATGGATCAAT AATCGGTAAAATGGATCAATGGTGACACCTCTGAGAAGGCCTTGTATGAGCTGAGCTTGAAGACGACGTCCCATGGGTTTGATAACGGATTCGGGTTCAGACGTGAACCGGTGGCAATGGAGGTGAGGACGTCTTTGAAGATGAAAGCGGATCTTAGGATGGGTTTCAACCCAAGGGAAGAAGGAGGTAACTGCTGATTGAGCCGCGCCAATATC 11 1 3' arm Allium_cepa pmrd MIR171_1 0.0008 zma-MIR171n 0.00004 -60.8 ....(((....(.(((((..(((...((((((..((((.((((.((.(((((...(((.(((..(((((((((((((((((....))))))).((((((....)))))).............))).)))))))))).))).....)))...)).)).)).)).))))..((....)).....)))))).)))..))))).).....)))...... (-60.80)