mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCTGTCCCAAAATAAAC TTATTTTGGAACAGAGTGAGT ATGTGACATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAACCCGATGTGACACATACTAGTACTTGTGTCCAAGATGTATTAGGATGTGGCACATCCGTACAATGTTGGTTTATTTTGGAACAGAGTGAGTATATGTTA TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTCCTTTTCCTATTCCAGCTCTAAAAGGCTTTTATCGAACTATGGAGTTCTCTACTCGGTTACATTTCCACTGCCAACGTTTATGGATGGCGGCAACGCACAAGTTCCTGATTATCAACCCACTAAAAGCACAATTTTACAAGCATCATATATGTGACATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAACCCGATGTGACACATACTAGTACTTGTGTCCAAGATGTATTAGGATGTGGCACATCCGTACAATGTTGGTTTATTTTGGAACAGAGTGAGTATATGTTAAGCAAGACTAATGCGGGCTTCCCTCTCGCTCATCTGTATCCGTTAGCTCCCACCTTGCTTGGGACTTTCTGAACATGCAGCCAAAAGGCCACGTTCGATGCACTGAAAAAGATAGCTGTGAAGCCAATCTAGTGTCTGAGGGAATGAGTTCGCTGAAATGTCAACAACGGTCAACCCCTGCGACTCAAAAGAACAAAGATAGTCCTGAATAAGCTTAAGGTTGTTTATAAGCTTTCGATGATCCTGAGGAAGACAATTATCCCTGGAAGCCCTGGTGGCTGTCCATTCCTCTAGCAATGCCTTGTGATCAAAATCAGACATCCTCAACACAATTGGGACTACTATTGGTTCAGCAGCAGGTTTGCCTTCTTGGGGNGGGTGTTTT 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-64 osa-MIR1862d 0.000002 -45.5 ....(((((((((.((((((.((((((((((((.((((((.(((((.(((((((((........)).))))))).))))).))))))...........)))))))))))).)))))).)))))..)))). (-45.5)