mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATATGGGAAA TTTCATATTCATATTGATGTT TCCCTTGCCAACTACTTCCTCCGTTTCATAATGTAAGTCATTCTAGCATTTTTCATATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATATATATATATGTATAGATTCATTAACATCAATATGAATATGGGAAATGCTAGAATGACTTATATTGTGAAACGGAGGGAGTATTTTCAAGGTT CACCATCAACGCGACACGCGCACTGTTGCGGAGCCCTGAAGCCATTTGTATTCCCCTTTAATCTCTCTTTATTTTCGTGAACATTGCAGCTAGATTTCGGGGGCAGGCACCACGGTCACGGTACTGCAGACTGCGCAGCAAATCGACGTTGCTCCGGCTGGATACATGAGCAGATTACGGCACCCAGAGCAAACGAGCTGGCTTTGGGCCCCATTGGGAGGTGTAAATGGCACAGGAGTTGGATATGGGGCAAGGGGAACCGGCATTGCTGTGCCAGCTGCCTGAACCGATGGCATCGCTTGTAGATGCTTCACAGATTCCAGCAACAGTCAGGCAACTGAAATCACCTTTCCTTTCCCTACAGGAAAGAAACCGAATGAGCTTAACACCTCCTGGTAAATAAGTGAGGTAGATAGGAGCGCAACAATCAGCTTCAACCAGTGAGCACATAGAGCAACTCAACCCCTCCCCACATCCACCTCCCTTGCCAACTACTTCCTCCGTTTCATAATGTAAGTCATTCTAGCATTTTTCATATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATATATATATATGTATAGATTCATTAACATCAATATGAATATGGGAAATGCTAGAATGACTTATATTGTGAAACGGAGGGAGTATTTTCAAGGTTTTTAGTCAATCAACCTCAAGAAGGTGACGTACAGCACCGCCATCTGTTCTGCTAGGAAGGGGACAGGAAGAGCTAGCAAGCACAGCTGCCAATTCATGGAGAGCTGAACCACAGTTGGAAATAAGTTCACTAACTTGTGAGCTCGTGGGGATCCAGGGAATGGCTGCTTGGTGGCA 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-48 osa-MIR809d 6e-47 -103.4 ..(((((..((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))).. (-103.4)