mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCAATATGAATATGAGAAA TTCCACATTTATATTTAGATTCA TGCACATATAGCTACTTCCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTTCCACATTTATATTTAGATTCATTAATATCAATATGAATATGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTATGAAACGGAGGGAGTAGCTAACAGCCC TCATCCACAATAGGGTGTCGCTTTTTATCTTGGCCAAGGATCAAATTCACGTGAGCAGCACACTCACGGAGCAACAAACACACACAATAGCTCTCTGGGGATGAACACACAGAAGTGCACAAGCACACACACAAGTTTTTTCTTGGCAACAAATGCCTTTTCTTTTCTTCACTCACTTACAAACTGATGATTACACGGCTTATGTAGCCTCGCGTACATGCACATATAGCTACTTCCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTTCCACATTTATATTTAGATTCATTAATATCAATATGAATATGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTATGAAACGGAGGGAGTAGCTAACAGCCCGACCGGGTCGCCCGCACGACCATGAGCCACTCACTCACACGATCTATGCGTCTCACGCGCAAGAATCGCTCCTCCGAGCTGACTAAACCACGCCACAAACATGCTCCACTAATCTTGCATGCAGCTAACTAATTCGCCACTAATCCTCTTATTCCCTAGACTTGTTCAGTTGCTAGTTATGCTGCAACACATGCATCTTCCAATCACTAGCACTAACTAACTC 3 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-68 osa-MIR809d 9e-24 -67.1 ........((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((.((.(((((((((..(((........)))))))))))).)).))))))))))))))))))).))).))))))))))))))))))))....... (-67.1)