mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTACAGAGTAGTCAAGCATG GTCGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGAAAACATCGATTTAGTTTCAAAATCGATCACTAGTGGCGTACAGAGTAGTCAAGCATGAC 2 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-160 5e-43 ath-MIR160b 2e-45 -42.3 (((((((.(((((.((((((((((((.((.....((((((((.......))))))))..)).))))))))))).).))))).))))))) (-42.30)