mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATCCCCC GGAATGTTGTTTGGATCGAGG TGAAGAGGCTATTTCTGTTGTGGGGAATGTTGTTTGGATCGAGGATATCATAAACGCATACACATGTTTATATGTTATGATGCATTATATGACTGATGTAATGTACATATATATACATACATGCCACATGGTATCGTCGGACCAGGCTTCATCCCCCTCAACATGTTAATTGCCTTCAATCA 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-166 7e-78 ath-MIR165b 1e-100 -65.3 .((.(((((.(((.((((((.((((.(((..((((((.((((.((((((((....((((....((((..((((((.(((.((((((((((.....)))))))))))))))))))))))..))))...)))))))).)))).))))))..))).)))).))))).)..))).)))))...)). (-65.30)