mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGACTGTTGTCTGGCTCGAGG AGGGGCTTTCTCTTTTGAGGGGACTGTTGTCTGGCTCGAGGACTCTGGCTCGCTCTATTCATGTTGGATCTCTTTCGATCTAACAATCGAATTGAACCTTCAGATTTCAGATTTGATTAGGGTTTTAGCGTCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTGTTGCTCCCT 5 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-166 6e-78 ath-MIR166a 2e-93 -68 .(((((.....(..(((.(((((.((..((((((..(((((((.((((...((((((.((((((((((((......)))))))))...(((((((....))))..))).....))).)))))).)))).)))))))..))))))..)).))))).)))..)..))))).. (-68.00)