mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTGTCCTTCGGCTACA CCCAACGGAGTAGAATTGCATGAAGTGGAGTAGAGTATAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAACGTTGTTAACCATGCATATGAATAATGTGATGATTAATTATGTGATGAACATATTTCTGGCAAGTTGTCCTTCGGCTACATTTTGCTCTCTTCTTCTCATGCAAACTTTCCTTGGG 3 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR169_2 2e-65 ath-MIR169b 5e-100 -82.3 (((((.((((.((..((((((((...((((.((((((.((((.(((((((((..(((((((((((...((((...(((.(((((((.((((......)))).))))))))))))))...)))))))))))..))))).)))).)))).))))))))))...)))))))).))))))))))) (-82.30)