mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGCCAAGGATGACTTGCCG GCAAGTTGACTTTGGCTCTGT TGATGATGATGATGAGTCACTAATTAATTGTATCATAGAGTCTTGCATGGAAAAATAGAAAATGAGATTGAGCCAAGGATGACTTGCCGATTTTCTCAACGAATCTTACTGATTATGGTATCCGGCAAGTTGACTTTGGCTCTGTTTCCTTCCCTTCTTTTCGATGTCAAACTCTAGATACCTAACCACATATCATATATATCATCATCATTCATCA 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR169_2 1e-48 ath-MIR169e 2e-121 -75.3 .((((((((((((((..............(((((.((((((.((((((.(((((..((..((.(((((.(((((((((.((((((((((...(((.....)))...((((......))))..)))))))))).))))))))).))))).))..))..))))).))).))))))))))))))........((((...)))).))))))))).))))). (-75.30)