mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATGTGGGAAA TTTCACATTTATATTGATGTT TACCATAGATCCGTTGGCTTATCTGATTACATGATGATGATTACTCCCTCCGTTTCACAAATATAAGTCATTTTAGCATTTTTCACATTTATATTGATGTTATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGATCATTAACATCAATATGAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTACACTG GTTTTACGAAAAAACTTTTGGAGGACTAACCGGGCCTAACGTGACTTGAAGAGCTGTGACAGCGCAAATCGTGAAACGCGGATGGACCTAGCATTATGGTGATGTAGGAAGTGCCTTGCTGGCAGTGGCAGGTACCGTGCAAGTGTAATACCATAGATCCGTTGGCTTATCTGATTACATGATGATGATTACTCCCTCCGTTTCACAAATATAAGTCATTTTAGCATTTTTCACATTTATATTGATGTTATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGATCATTAACATCAATATGAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTACACTGTG 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-42 osa-MIR809d 2e-32 -77.5 .....(((.((..(((((((.((((....((((.(((((.(((.....((((((((((((...(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.............)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))....)))))))).))))....)))).)).)))))...)).)))..... (-77.5)