mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAAGTCATTTTAGCATTT ATGCTAGAATGACTTACATTG CATTATAAGTATGTACTACTCTCTCCGTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGAAGTAGTACCTACTACAAG ATATGGCCAATTAATAGATTTCTAATTATTTGACAACATTATAAGTATGTACTACTCTCTCCGTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGAAGTAGTACCTACTACAAGTACACACGAAATTTCCGATCTAAACTATTAACATCGGCACCAGTTATTTTTTAAAAAAAGAAGAGCATGGGGGCACCAACTGTAATCGACAATGGTATGCTAAAGTTGCAGTGATAACTGTATGCGCTCTTGGAGATTTCTTGTTTTAAAAGAAGTTGTGATTTTATTTCAGATGTGGAAATAATATGAATATATGACTGGTCCGG 0 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-35 osa-MIR809d 2e-31 -66.3 .......((((.((((((((.((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((.((...(((.((....)).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))).)))))))).))))..... (-66.3)