mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATGTGGGAAA TTCCACATGTCTAGATTCATTAA ATTATAAGTATGTACTACTCTCTCCGTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGAAGTAGTACCTACTACAA ATATGGCCAATTAATAGATTTCTAATTATTTGACAACATTATAAGTATGTACTACTCTCTCCGTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGAAGTAGTACCTACTACAAGTACACACGAAATTTCCGATCTAAACTATTAACATCGGCACCAGTTATTTTTTAAAAAAAGAAGAGCATGGGGGCACCAACTGTAATCGACAATGGTATGCTAAAGTTGCAGTGATAACTGTATGCGCTCTTGGAGATTTCTTGTTTTAAAAGAAGTTGTGATTTTATTTCAGATGTGGAAATAATATGAATATATGACTGGTCCGG 4 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-35 osa-MIR809d 2e-31 -66.3 ......((((.((((((((.((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((.((...(((.((....)).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))).)))))))).)))).... (-66.3)