mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGTGGGCATACTGCCAATA CTTACAGAGATCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCTCTCTCTATATTTATGTGTAATAAGTGTACGTATCTACGGTGTGTTTCGTAAGAGGAGGTGGGCATACTGCCAATAGAGATCTGTTAG 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR394 3e-63 ath-MIR394b 2e-64 -53.1 ((.(((((..(((((((((.(.(((((((((((((....(((((((((.....)))))))))......(((((......))))).))))))))))))).).)))))).)))..))))).)) (-53.10)