mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTGAGTGCATCGTTGATG TCAGCGTTGCATTCAATTATG TGAATGAACATCATTGAGTGCATCGTTGATGTAATTTTACTTATTTTATTCCATTGTTGAATTAATTAAAGAAGTATATATCAGCGTTGCATTCAATTATGTTTTTCTA 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR397 7e-55 ath-MIR397b 3e-57 -34.4 .(((.((((((.((((((((((.((((((((((....(((((.(((.((((.......)))).....))).))))))))))))))).)))))))))).))))))))).. (-34.40)