mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTG GGGTTGATATGAGAACACACG TGGATCTCGACAGGGTTGATATGAGAACACACGAGTAATCAACGGCTGTAATGACGCTACGTCATTGTTACAGCTCTCGTTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAGCTCTT 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR398 3e-60 ath-MIR398b 2e-61 -51.5 .(((.((((.(((((.((((.((((((((((.(((.(((....(((((((((((((...))))))...)))))))...)))))).)))))))))).)))).))))).)))).))). (-51.50)