mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTG GGGTTGATATGAGAACACACG TGGATCTCGACAGGGTTGATATGAGAACACACGAGCAATCAACGGCTATAACGACGCTACGTCATTGTTACAGCTCTCGTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAGCTCTT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR398 1e-59 ath-MIR398c 7e-61 -46.1 .(((.((((.(((((.((((.((((((((((((((........((((.((((((((...))))...)))).))))))))).....))))))))).)))).))))).)))).))). (-46.10)