mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCGCCTCTCCATTGGCAGG TCACTAGTTTTAGGGCGCCTCTCCATTGGCAGGTCCTTTACTTCCAAATATACACATACATATATGAATATCGAAAATTTCCGATGATCGATTTATAAATGACCTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGAAACTGGTTC 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-399 0.00003 ath-MIR399b 1e-72 -61 ..(((((((((((((((.((((((.((((((((((.((((.......(((((........)))))((.(((((........))))).))......)))).)))))))))).)))))).))))))))))))))).. (-61.00)