mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATATAGGAAA TCTCACATTCATATTGATGTT AATCAACAGGCTTGTACTCCCTCTGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTCTCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATATATTATTCTCACATTCATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATAGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTAAAACAGAGGAAGTATGTTATATGTGTA TAGATGGTTGACTGTCATGTTAAGATCCAAGATGGTTATGTCTCTCTGAACTAATTGCCCGTTTCTGTACAGTACTGTCAAAATTGCATCATCTGTAAATCCCATGTTGATTCACACTTTGGTTTATACCCTGAAGAGCGTGCGTGATCATGTCATTTGTGATTATTGTAACCTTGTCGAGAAGCCAGTCAGACTTGTATGCATCAACACATATTTTTCATAATTTTGTGGTGGTTTGGTCCATTTCTATCTGATGCCTTTACTGTTATTTTCAGAATCAACAGGCTTGTACTCCCTCTGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTCTCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATATATTATTCTCACATTCATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATAGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTAAAACAGAGGAAGTATGTTATATGTGTATTATCAAGCACCATTGGATCCAAATCAAGCCATCTCTTGCTCTTGGCTCAAGTAAGACAGTAATTGAACTGTGCACATAATATAATCAGGCCGAACGTATGTTTC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-38 osa-MIR809d 4e-39 -93.2 .....(((....((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((.............))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))).))))))))).)))))).....)))... (-93.2)