mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGAGGCCTATTAAACCTCTG GGGGTTTATAGACCTCGAATC CGTGGTAGATAAGTTTGAGTTGCATAGTGGCAGTCTTCCTTTGTTTGTTAACCCATATTTTCATGATTCGAGGCCTATTAAACCTCTGTTACATCTGCTTTTTGAAAAGTTGTCATTTTTCTGAAATCTTCTTGCCTCAATTTCCAACAGCAGATTCATCTTTCATTGGATGATCCGTTAGTTTTTGATAGAAAAAATGAGGTGGGAAGAAATTAAGACTGACTTCGAAATAGCCTTTAAAATAGGGGTTTATAGACCTCGAATCATATCAAACGAGTCTGCTACTATGCTACTGAAAACTTTATCAAA 1 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR402 3e-176 -105.13 .......(((((((((.(((.((((((((((((.(((.....(((((...............(((((((((((.((((.(((((((((((......((((((((((.((((.(((......)))..((((((..(((((.(((((((.(((.(((((((((......))))))...))).))).)))...))))...)))))..))))))......))))...))))))).)))......))))))))))))))).)))))))))))..)))))))).)))))))))))).)))..)))).)))))... (-105.13)