mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATGTGGGAAA TTCCACATTCATATTAATACT GAAATTCTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGTATTTTCCACATTCATATTAATACTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATTAGCATCAATATAAATCTAGGAAATGCTAGAATAACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAAATCTAGATTCATTAGCATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAAAATGACTTATATTGTGAAACGAAGGGAGTAACA GGGATGATCGAATTAATGATGTATCGTTATTATAGGATCTACAACGAAGCCAGCTTAAACGATGCCAATTTGTGCGTCGACCCCATAAATCGGTGCGGGACCCAGTTCACGCGAGCACGCCAGCGTTGCGGGCTTGCGTCTCGCGCTCCCGCGCCCCAGCTGGACCCTGCGAGCGGCTAAGGAAAATGTTCACTCGGGGTCCCTCGTCTTATGGAAAAGTGTTTAGTTTTAGAATCATCGCTAAACCGAAATTCTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGTATTTTCCACATTCATATTAATACTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATTAGCATCAATATAAATCTAGGAAATGCTAGAATAACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAAATCTAGATTCATTAGCATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAAAATGACTTATATTGTGAAACGAAGGGAGTAACATATATAACACATTATATCTTGCAAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-52 osa-MIR441c 1e-51 -93.6 ......((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((((....)))))..((((..(((((((..((......)).))..))))))))).((((...((((...))))...))))..))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..... (-93.6)