mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGAACAAGCAGAGCATGG AAGGTTAGATTGGTATTGCAATGAAAGAAGACAAAGCGGTAATGAGAGAGAGACAGGGAACAAGCAGAGCATGGATTGAGTTTACTAAAACATTAAACGACTCTGTTTTGTCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCTCTTTTTTTCTCTATATTTCTCTCTCTCCTTTCATTTCACAGCTTTCAATGGAATTTTATTGCTACTGCTAACG 6 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR408 1e-55 ath-MIR408 2e-109 -65.1 ...(((((...((((..(((((((((......(((((.(.((((((((((((((((((((...((((.((((((...(((.....(((((((...........))))))).)))...)))))).))))...)))))))..........................))))))))...))))).)...)))))........))))))))))))).))))). (-65.10)