mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTGGTGATCATATAAGAT CTTGTATGATCACTAACCATT AATTTCAGAGATACTAATCCAAGAGATGGCGGATACGTTTTACAATCACGAATCTTGTATGATCACTAACCATTGGAACAATAAGAGTATATAATGAGTATATCACCATTTAGTTCTAGTGGGTGGTGATCATATAAGATTGGTAATGGTAACAGTGAAACATATCCCCCATCTATTGGGATTAATTAGTC 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR823 5e-106 -73.3 ..............((((((...((((((.(((((.(((((((....((.((((((((((((((((((.((((((((((...((..(((((((.....))))).))..))..)))))))))).)))))))))))))))))).))..((....))))))))).))))).))))))....))))))....... (-73.30)