mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGCTCTGATACCAATTGATG TCGATTGCTGTCAGAGCCACG AGATAAGGGATTGCACGATTTCTCAATAGTTCCGTCGCTGCGTTTCCATCACGTCGATTGCTGTCAGAGCCACGCCTATGAAGAATTTGTGCGGCTCTGATACCAATTGATGCTATGGAAACATCGATATTGCCTGATTCCGTGTTTCCTTTTACCTTGTTGT 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR845_1 1e-41 ath-MIR845a 2e-89 -58.3 ....((((((..(((((...((.((((......((((....((((((((..(((((((((.((((((((((.(((..((.....))..))).)))))))))).)))))))))..))))))))..))))))))...))...))))).))))))........... (-58.30)