mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACATGGGACTGCCTAAGCTA GCTTGGCAATCTCATGTCAAA AAAACTTTCAGATTGCACAAGAGAATATGAAAAAGTATTAACACAAGCCTTATAGCTTGGCAATCTCATGTCAAATAAGGAAAAGAAGAGGAACCCAAGGTATGTTTCTCATCTACCTTCTTTGACATGGGACTGCCTAAGCTAAAGGCTTGCCATGTTATCACATCCTTCTTTCATTTCGTCGCAACCACTTTA 1 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR848 2e-108 -67.6 ..........(.((((((.((((((...(((...((..(((((((((((((.((((((((((.((((((((((((.((((...(((.(((((((.........))))))).))).)))).)))))))))))).)))).))))))))))))))...)))))..))....))).))).))).)).)))).)...... (-67.60)