mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCTTCCGTCCCAAAAT TTTGTAACGGAGGGAGTATAT TCGAGGACCCGACTACGAGACTTACTCCTTCCGTCCCAAAATATAATTAAGTAGTTTCGGTTGGATGGAACACGTCCTAGCTAGTACTACGAATCTAGATAGACAGCCCATCGAGATTCCTAGTACTAGCTAGGAAATGTCCAATCCAACCAAAATTCTTTATATTTTGTAACGGAGGGAGTATATGTTGTTGCATGCGATATA GTTCGGCACGGTAATGCTGTCCTACTCGGCGCTTGATGGCGGCCGTGCCTTCAGCTGGCCGGAGAAGGCCTGCCTCGTCGCCGTCGCTTCCCTGCTCGTCGGCAACCTTAGCCAGATGGCGCTGCAGCGCCGCGCCGTCCGCACGGATAGCGTGGTCACCACTGCACTGTCCCTCTTTGACAAGGTTAATAAGGTGACGTTGCTGATTGCTGCATTGGGTTGTATGGCTGTGTTAGCTACGCACAAAATTACTGCATCCCACTAGGTATAGCTAGCTAACCGACGATCGAGGACCCGACTACGAGACTTACTCCTTCCGTCCCAAAATATAATTAAGTAGTTTCGGTTGGATGGAACACGTCCTAGCTAGTACTACGAATCTAGATAGACAGCCCATCGAGATTCCTAGTACTAGCTAGGAAATGTCCAATCCAACCAAAATTCTTTATATTTTGTAACGGAGGGAGTATATGTTGTTGCATGCGATATATGGTCTAGATGTTATATCCAGGAGAAGTTTTTTTTATGATATTTGAGGAGGTATCATAAGGTATGTGCTACCATTTGTAGACAACAATAAGTGTAGTAGATCTTACTACCTTCGTAACGACCATAAAAGAACTGATCTACATAGGGTGACGTTGTTGTTGTAATCTAGCTTGTAGTTCAGGTTTTTTTTCTTTCAATTCTTATTTCACCTAGCTAGTAGTATGATGTACTGTATGGTCGTGTGCTAATGTCTCACTTCTGCAGGAAAAGCCCATATGAGACTATGATGTACCATCAAAAAACTCAGTTGTTTCTGCAATCAGTTAATCAGACCTAGTTTGAATTTTTTTAACGCTTTTAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000000003 100 -81.8 (((.((......)).)))....((((((((((((..((((((((((...((.(((((.(((((((((((.((..(((((((((((((((.((((((.(((.........))).)))))).)))))))))))))))..))))).)))))))).)))))))))))))))))..)))))))))))).(((((((.....))))))). (-81.8)