mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGACGCCGTTGACTTTTTT AAAAGTCAACGGCATACATA TAAAAAATATTATACTCCCTCCGTCCCTAAATATTTGACGCCGTTGACTTTTTTAAACATGTTTGACCGTTCATCTTATTGAAAACTTTTGTGAAACATATAAAACTATATGTATACATAAAAGTATATTTAACAATGAATCAAATGATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAAATTTTTAATAAGACGAACGGTCAAATATATTTAAAAAAGTCAACGGCATACATATTTAGGGATGGAGGGAGTATGATTAAAACA TTACTATCCTCGCATGGATTCCGTTTTCTTTGTCCCCTTGCCAGCGCTAGACTGAGTTGTTAAATTTATTCTTGATTAGAGTGCTTCTCCTTTCAGCAACTGTCAGTATCTGAAAACTCATATTTTCTATGCACATGATTTTGAAGTTTTAAAAAATATTTGACTAGATGCCTCACAAATGTGATGTTTGTTGAATCCACAAGGATGCTTTGGACATAACATAAGACTATAGTTTCAGTGATGTTCAGTGGCGAATCCAGGGTGTAAATTGAGGAGGTGCTAGTGTAAAAAATATTATACTCCCTCCGTCCCTAAATATTTGACGCCGTTGACTTTTTTAAACATGTTTGACCGTTCATCTTATTGAAAACTTTTGTGAAACATATAAAACTATATGTATACATAAAAGTATATTTAACAATGAATCAAATGATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAAATTTTTAATAAGACGAACGGTCAAATATATTTAAAAAAGTCAACGGCATACATATTTAGGGATGGAGGGAGTATGATTAAAACAAATAAAG 2 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 4e-77 osa-MIR806h 3e-56 -100.8 ........((((((((((((((((((((((((((.((..((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((..(((((((((..(((((((....)))))))...)))))))))..(((((....))))).((((..((((.((...........)).))))..))))))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))))))))....... (-100.8)