mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTTGGCCTTGTCATCTCA AAATGACAAGGCCAAGATAC GATCAACGGTTGAAATGACAAGGCCAAGATACGGCAAGAAAATATTATTCTAAAAGATAAATGTTAAACTTTCTAAACTTCAATATTAACATTTATCTTCTAGAATAATATCTTTTTGTTATATCTTGGCCTTGTCATCTCAACCGTCGATC 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR5024 8e-83 -81.37 ((((.((((((((.(((((((((((((((((..(((((((.(((((((((((.((((((((((((((..................)))))))))))))).))))))))))).)))))))..))))))))))))))))).)))))))).)))) (-81.37)