mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATGGTCAGATCCGTCATCCCACTTA AGCGGGATGATGAATCCGACCATGATG GAGAGGCTATAAGCGGGATGATGAATCCGACCATGATGGTGTTGCAGAAATTTATGTATGATGTAGTTATTGTCCAGGGATCGAAACACCATCATGGTCAGATCCGTCATCCCACTTATGTTTTCTT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR842 5e-68 -60.1 ((((((.((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((...((..((..((.(..(((....)))..).))..))))..))))))))))))))).))).))))))))).)))))).)))))) (-60.10)