mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCGAGTGGTGACGTGAAGTG AAGGTGATGAAGGTACTCGACCAC GATCGAGTGAAGGTGATGAAGGTACTCGACCACGTGGTTGAGTAGTGTGATCGAGTGAAGGTGATGTGGTGGACGTGATGATACTCGACCAGGGGGTCGAGTAATGTGATCGAGTGGTTGTCCAGGTGGTACTCGACCATGGGGTCGAGTGGTGACGTGAAGTGCTGAGGTC 6 2 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.00004 100 -67.1 ((((.((((....(.(((..(.(((((((((.((((((((((((.(..(((((.......((.((((.....)))).))..(((((((((....)))))))))...)))))...(((....)))...).)))))))))))).))))))))).)..))).)..))))..)))) (-67.10)