mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTTAAATGTGTGTCCGTAT TTGGACACATGCATAGTGT CCAGTCGACATGTAAATATGGGCCTGTTTAGTTTCCAAACAAAATTTTTCACGCTGTCACATCGAATGTTTGGACACATGCATAGTGTTAAATGTAGACAAAAAAAAAACCAATTACACAGTTCGGCAGGAAATTGCGAGATGAATCTTTTAAGCTTAATTGCGCCAGGATTTGACAATGTGGTGCTACAATAAACATTTGTTGATGACGGATTAATTAGGCTTGATAAATTCGTCTCGAAGTTTTCTGGCAAAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTACGTTTAATACTTTAAATGTGTGTCCGTATATCCGATGTGACATGTAGGGGCAAATTTTTTTGCCAACTAAACAGGCCCTATATATGCCATCAATT AAAATGGCAGAGCATTTTGCAGGGCAATGTTGCTGACCACTTGGAGAAAAAACACACAAGTTTTTGGCGTCGTACCAGTACCAGTCGACATGTAAATATGGGCCTGTTTAGTTTCCAAACAAAATTTTTCACGCTGTCACATCGAATGTTTGGACACATGCATAGTGTTAAATGTAGACAAAAAAAAAACCAATTACACAGTTCGGCAGGAAATTGCGAGATGAATCTTTTAAGCTTAATTGCGCCAGGATTTGACAATGTGGTGCTACAATAAACATTTGTTGATGACGGATTAATTAGGCTTGATAAATTCGTCTCGAAGTTTTCTGGCAAAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTACGTTTAATACTTTAAATGTGTGTCCGTATATCCGATGTGACATGTAGGGGCAAATTTTTTTGCCAACTAAACAGGCCCTATATATGCCATCAATTTGAATATGAACAGAAAATTTTCTAAGCATATATACATAAATATTGTA 4 2 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124d 1e-62 -124 ......((...(((.((((((((((((((((((..((((.(((((((.((..((((((((((((.((((.((((((((((...((((((((((((((..((.((.(((((.(((((((..(((..((((((((((.((((((((((...(((((((((((((..((.....((((((((((.((......))..))).)))))))....))..)))))))))))))...)))))))))).)))))))).))..))).))))))).))))).)).))...)))))))))))))).....)))))))))).)))).)))))))))).))...)).)))))))))))..)))))))))))))).)))).)))..)).... (-124)