mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAATAGATTCGTCT TCAAATTTTTTGAGTTTAATT TCAAATATTTAGACACATGTATATAGCATTAAATGTGGACGAGTAAAAAAACCAATTACACAGTTTGCATGTAAATTGCGAGTCAAATTTTTTGAGTTTAATTACGTCATGATTTGACAATATGGTGCTACAGTAAACATTTGCTAATGACAGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTNTTAGCTTACAGGCGGAATCTGTAATTTATTTTGTTATTAATCTATATTTAATACTTTAAATATGTGTCCGTATACTTT AAATTGGATATGTTTAGTTCTCCTCGAACTTTCAGAAATTTNGTCACATCAAATATTTAGACACATGTATATAGCATTAAATGTGGACGAGTAAAAAAACCAATTACACAGTTTGCATGTAAATTGCGAGTCAAATTTTTTGAGTTTAATTACGTCATGATTTGACAATATGGTGCTACAGTAAACATTTGCTAATGACAGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTNTTAGCTTACAGGCGGAATCTGTAATTTATTTTGTTATTAATCTATATTTAATACTTTAAATATGTGTCCGTATACTTTAAAAAAAAAATTGGCCGTACAACTAAATACCGTTGGGTAGTTGGGTAGTTACCTGGGTACTTACCTTCCCTGTTATTCCTCCTCCATCTTGCATAACCAACTTAAGGACCCGTAACTTACAAGAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124c 6e-54 -59.7 ...........(((((((((.((.((.((((((((((((..(((((.((((..(((((((...(((((.(((((.(((..((...(((((.(((((((((((((.(((((.......(((.(((.(((....)))..))))))...)))))....))))))))))))).)))))...))..))).))))).)))))...)))))))..)))).)))))..)))))))))))).)).)).))))))))).......... (-59.7)