mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCGACCTAGGGGTCGAGTGGT CACTCGACCTCGGGGTCGAGTGAT GTGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGTGATCGAGTGGTGGTAAGGTGATGGAGATGAAGACACTCGACCTCGTGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTGGTGATGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTCTGCTGAGGTTGTGAATCGTCTACTCGACCTAGGGGTCGAGTGGTTTTGC 2 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.00000000001 100 -93.01 (..(((.(((((((((((.(((((((((((((....(((.(..(((((.............((...(((((((((((.(((((((((((.((.((.(.....).)).))..))))))))))).))))))))))).))))))).).))).....)))).))))))))).))))))))))).)))..) (-93.01)