mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATTATGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCATCCTACAGTATAA ACTAGCATAGTACTCCCTCCATCCTACAGTATAAGGGATTTTGAGAGTTTTTGCTTACAACGTTTACCACTCGTCTTATTTAATTTTTTTTCGCAAATATAAAAAACGAAAAGTTGTGCTTAAAGTACTATAGATAATAAAATAAGTCACAAATAAAATAAATAATAATTTCAAAATTTTTTTAATAAAACGAGTGATCAAACGTTGCAAGCAAAAACTTAAAATCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTTCCATTCAAT GTACCGGGCCCCCCCTCGAGGCCAAGCTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGGAAATCTGAAGCTCTTATTATTTCTTTCTTACAACTTTTCAAACATCTGATGATTTCTTCCAATCATCATACGACTAGAGCTAACTAGCATAGTACTCCCTCCATCCTACAGTATAAGGGATTTTGAGAGTTTTTGCTTACAACGTTTACCACTCGTCTTATTTAATTTTTTTTCGCAAATATAAAAAACGAAAAGTTGTGCTTAAAGTACTATAGATAATAAAATAAGTCACAAATAAAATAAATAATAATTTCAAAATTTTTTTAATAAAACGAGTGATCAAACGTTGCAAGCAAAAACTTAAAATCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTTCCATTCAATTCTCCAAAAGAACACTTATTATTGGATATATCACCGTCAATACCCTGAACAACCTACGGAAGCCATGTATTTCTCATCTGTTGATCTGCATCCATCACCCACCTTCCAAAATAACCAATATATCACCATACAAAAGAACACCTAACACTGATGCTACTGCCAATGCCATTCCTAATTCTAGCCTAACACCTACCTAGCACTAATAATAGTAGCAGTAATAATTCTTAAATATGATCCATTAAACTGGGATTAGAACAGACGAACGAAGCANATCTGCCCCTTGTCTCGTCCTCTCTA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 8e-20 osa-MIR818e 0.00000000001 -80.1 ((((...))))(((((((((.(((((.(((((((((((((((..((((((((((((.((((((((..(((((((.(((((.((((((((((((.............)))))).(((((((((...((.((....)).))...)))).)))))..(((.((.....)).))).)))))).....))))).)))))))...)))))))).))))))))))))))))))))))))))).))))).))))))))).......... (-80.1)