mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCTACCTCATGGTCGAGTG CTCGACCTCGGGGTCGAGTGG GTGAAGATACTCGACCTCGGGGTCGAGTGGAGTGATCGAGTGATGGTCAGGTGGTGGAGGTGAAGACACTCGACCAGGGGGTCGAGTGATATGATGAAATCGTGAAATTCCCTACTTGACATGGGGGTCGAGTGGTCTCTTGAGGTCTTGAAGCTTCTACTCTACCTCATGGTCGAGTGGTTTGAC 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.00000000001 100 -82.6 ((.(((.(((((((((..(((((.(((((((((..(((((.....(((((((((.((((.......(((((((((....))))))))).((((((...))))))...)))))))))))))..((((..(....)..))))......))))).)).))))))).)))))..))))))))).))).)) (-82.60)