mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGT CACTCGACCTCGGGGTCGAGTGAT GTGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGTGATCGAGTGAAGGTCAGGTGGTGGAGGTGGAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGAGGTGAAGTGGTGATGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTCTGCTGAGGTTGTGAAGCGTCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTTTGGC 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.00000000000001 100 -98.34 ((.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((.......))))...(.(..(.((..((..(((((((((((..(((((((((..((((..............)))))))))))))..))))))))))).))..))....)..).).))))).))))))))).))))))))))).))).)) (-98.34)